W ocenie Najwyższej Izby Kontroli województwo małopolskie nierzetelnie prowadziło projekt budowy sieci regionalnej, a MSS jest jednym z przykładów przedsięwzięcia publicznego zrealizowanego w sposób nieprawidłowy.
W swym raporcie o realizacji zadań publicznych przez spółki komunalne, kontrolerzy Izby stwierdzili, że przedsięwzięcie obejmujące zaprojektowanie, budowę, utrzymanie oraz zarządzanie siecią telekomunikacyjną w postaci Małopolskiej Sieci Szerokopasmowej oraz świadczenie usługi hurtowej dostawy transmisji szerokopasmowej, podjęte przez utworzoną w tym celu przez Województwo Małopolskie spółkę (Małopolska Sieć Szerokopasmowa sp. z o.o.) było nierzetelnie przygotowane, a jego koncepcja ulegała zmianom bez uzasadnienia.
Województwo zrezygnowało z zawarcia umowy inwestycyjnej niezbędnej do zapewnienia finansowania przedsięwzięcia oraz sprzedało udziały w MSS przy odrzuceniu korzystniejszej pod względem finansowym oferty, nie przeprowadzając w tym zakresie żadnych analiz uzasadniających sprzedaż udziałów lub zmianę koncepcji.
W ocenie NIK, decydując o zbyciu udziałów spółki, samorząd województwa stracił wpływ na realizację zadania stworzenia sieci szerokopasmowej, choć powstanie spółki MSS uzasadniano tym, że przedsięwzięcie było ważne dla rozwoju województwa i wpisywało się w Strategię Rozwoju Województwa Małopolskiego na lata 2007–2013.
W efekcie niekonsekwentnych i nieprzejrzystych działań, projekt MSS trwający już sześć lat nie został zrealizowany i do końca okresu objętego kontrolą NIK nadal znajdował się we wstępnej fazie.
Warto jednak wspomnieć, że pod koniec 2014 r. krakowska prokuratura nie dopatrzyła się żadnych nieprawidłowości i umorzyła śledztwo w sprawie sprzedaży MSS.
